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夜神瞬打败宇智波斑之后，本来想要把关于黑绝的事情原原本本的告诉他，但是宇智波斑并不相信夜神瞬，所以暂时只能把宇智波斑封印起来，放到了月球上，以免黑绝再次搞事情。
之后夜神瞬带着长门等人回到了楼兰，交换彼此的情报之后，包括带土，大蛇丸，晓组织都加入了夜神瞬的麾下。
实际上，临兵斗者皆阵六人分别是被秽土转生的野原凛，弥彦，宇智波富岳，宇智波止水，日向日差，药师野乃宇，选择这六个人考虑了很多方面的因素，既有熟人好交流的想法，也有靠他们来牵制特定对象的打算。带土也是这样才心甘情愿的加入的。
有了六个转生者的存在，新加入的同伴磨合的速度也快了很多。
依靠目前的成员，夜神瞬掌握的势力范围扩张为了月球，楼兰，雨之国，水之国，田之国。
之后的几个月，除了加强对已有势力的控制力度之外，诸如雪之国，汤之国，草之国等小国也被暗中控制了。之后夜神瞬就采取了对风之国的行动，靠着大量的强者，还有大蛇丸等人在风之国留下的后手，成功控制了砂忍村。
势力扩张到一定程度之后，夜神瞬带着长门和转生者以晓组织的名义，奇袭了其他五大忍村，夺走了所有尾兽和人柱力，并向全世界宣战了。五大忍村很快动员起来，准备组成联军夺回为首，但是因为水之国，砂之国作为卧底传递了很多消息，并且大量背刺，联军很快就失败了，甚至都来不及处置反水的两个忍村。
虽然黑绝混在联军中，想要下绊子，但是效果不明显，被早有准备的长门抓住了。经过幻术拷问，夜神瞬才知道这个黑绝是未来的大筒木辉夜孤注一掷传送回来的。
因为一开始就有意控制伤亡，夜神瞬几乎活捉了所有忍者，并且之后将大部分忍者封印了能力，暂时关押在水之国。
出乎所有人的预料，夜神瞬没有停下战争的脚步，开始对大名和贵族出手，但是这时候已经没有人能帮到大名了，少量的漏网之鱼忍者和武士等并不能阻止夜神瞬，最后夜神瞬统一了五大国。
之后就是推行改革，建立新制度，同时有选择的放回一些忍者。放回的忍者多数是年轻的，且不是原本制度的既得利益者，他们在短暂的抗拒之后，顺利的融入了新的社会当中。这些忍者战斗力不强，但是数量很多，足够帮助新建立的国家推行改革。
宇智波一族的幸存者在宇智波富岳和鼬的带领下也慢慢融入了这个过程。
依托忍者和查克拉的新工业革命和农业革命在夜神瞬的引导下，顺利进行着。
因为大量忍者的加入，农业最先有了翻天覆地的变化，平原地区的大型农庄的出现，加上大蛇丸的研究成果和木遁的帮助，粮食产量大幅度提升，解放了相当数量农业劳动人口。
飞雷神传送阵的存在则是直接带领忍界的交通水平跳跃到了科幻世界的水平，让人口和物资的流转变得极为便利，因为自然查克拉的应用，传送成本也变得非常低廉。
因此多余的农业人口快速加入了新工业革命的队伍，大型工厂的建立，新技术的出现和发展，原本忍界畸形的科技树被慢慢纠正，原本在几十年后博人传才普及的电子产品被推广开，极大的提升了忍界人民的生活水平。
这时候夜神瞬才放出了剩下的被关押的忍者，这时候就算他们想要推翻新制度，也不会有多少人支持他们了。
不过夜神瞬在推行工业革命和发展科技的同时，并没有轻视忍术的发展潜力，以旧时代五影为首的新研究院建立了起来，和大蛇丸带领的国家研究院相对立，形成了互相竞争的关系，忍术学术研究的氛围很快发展了起来，并和科技路线很好的结合在了一起。
技术发展的同时，夜神瞬带领部下向着海外发展，很快统一了全球，把飞雷神传送阵建立到了星球的各个角落，甚至隐隐有跨越进入星际时代的意思。
这时候夜神瞬和异界的自己约定好的时间已经快到了。于是夜神瞬带着数十位顶尖强者在一个无人岛上解放了辉夜，然后将其抓住，九只尾兽之留下了少量查克拉为依托，以免鸣人等人柱力死亡之外，其他的部分都融入了神树，这使得夜神瞬获得的神树无比完整。
夜神瞬得到神树之后，相关的记忆才完全解放。大筒木一族依靠神树入侵各个时间线，这时候夜神瞬穿越到了忍界，和他们成为敌人。但是势单力薄的他即便统合了忍界的全部力量，也不足以毁灭大筒木一族。
打是打得过，但是大筒木一族逃跑或者隐藏起来，那就没办法了。
于是夜神瞬也在各个平行世界传递了自己的存在，然后通过各种手段，让不同的世界的自己成长起来之后，以神树为基点，建立起一个巨大的超时空结界，将大筒木一族封锁在已知世界里，之后就可以慢慢清剿他们了。
不过大筒木一族也意识到了这个可能，平行世界的夜神瞬因为被大筒木一族集中力量围攻，并且现在这个夜神瞬所在的忍界是最后一个基点，所以才说时间不够了。
但是很顺利的是，夜神瞬在大筒木一族逃走之前完成了基点的建立。
超时空结界建立完成了之后，大筒木一族被封锁，原本因为维持基点的各个平行世界的夜神瞬也都解放了出来，可以自由行动，于是联合起来追杀大筒木一族，并在三年后顺利结束了这次行动。
夜神瞬也见到了曾经见过的女儿小月，是平行世界的自己和静音的孩子。后来夜神瞬和静音有了自己的孩子，也取了相同的名字作为纪念。
没有了大筒木一族的威胁，所有平行世界都获得了和平，夜神瞬复活了水门和玖辛奈，一家人过上平静的生活。
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